兒科是目前恩陽區(qū)內唯一集兒童醫(yī)療、保健、科研、教學于一體的綜合性科室，設置有兒科病區(qū)、新生兒病區(qū)。恩陽區(qū)危重新生兒救治中心，與四川大學華西第二醫(yī)院建立長期緊密合作關系。

眼、耳鼻咽喉科承擔轄區(qū)眼、耳鼻咽喉疾病診治、面部頭頸創(chuàng)傷急診急救、預防保健、科研教學、征兵高考體檢及殘疾鑒定等工作任務； 科室現(xiàn)有醫(yī)護人員共17人，其中副主任醫(yī)師1名，主治醫(yī)師4人，住院醫(yī)師3人。 科室配備先進的耳鼻喉內窺鏡檢查系統(tǒng)、手術動力系統(tǒng)、低溫等離子系統(tǒng)、電耳鏡及微波治療儀，電子咽喉鏡檢查系統(tǒng)、聽力檢測中心；眼科檢查室配備裂隙燈、眼底鏡、非接觸性眼壓計、角膜曲率儀、眼A、B超等；眼科手術室配備眼科手術顯微鏡、便攜式高壓蒸汽滅菌消毒儀等。

外一科集普外、胸外于一體的綜合性科室，普外主要開展主要開展甲狀腺、肝膽、乳腺、疝、胃腸、肛腸、血管外科等外科業(yè)務，胸外科主要開展肺、食道、手汗癥、縱膈等業(yè)務，市級重點?？?。

科室主要開展泌尿系統(tǒng)疾病、顱腦外科疾病等綜合性外科業(yè)務。科室現(xiàn)有醫(yī)護人員17人，其中副主任醫(yī)師1人、主治醫(yī)師2人、醫(yī)師4人，專業(yè)護理人員9人?？剖裔t(yī)務人員均曾多次到四川大學華西醫(yī)院、四川省人民醫(yī)院、第三軍醫(yī)大學第三附屬醫(yī)院進修學習。

手術室、麻醉科是醫(yī)院臨床科室的重要組成部分，承擔著全院外科手術麻醉、術后鎮(zhèn)痛、危急重癥搶救等任務?？剖椰F(xiàn)有醫(yī)護人員13人，其中中級職稱2人，初級職稱11人?？剖裔t(yī)務人員先后分別在海軍總醫(yī)院、巴中市中心醫(yī)院等上級醫(yī)院進行?？茖W習進修。

內一科是集心血管、神經內科專業(yè)、重癥監(jiān)護病房為一體的綜合性病區(qū)，恩陽區(qū)高血壓防治中心、心衰中心、防治卒中中心。 科內現(xiàn)有醫(yī)護人員33名，其中主任醫(yī)師1名，主治醫(yī)師5名，醫(yī)師6名，專業(yè)護士20人，科內醫(yī)護人員曾在四川大學華西醫(yī)院、四川省人民醫(yī)院、川北醫(yī)學院等醫(yī)院進修學習。 科室配備有多功能床旁監(jiān)護儀20臺，進口多用呼吸機8臺、多功能B超機、多功能除顫器、胸肺部物理治療儀、微量注射泵、輸液泵、床邊心電圖機、床邊X光攝片機等先進醫(yī)療設備。

呼吸內科集呼吸、感染于一體的綜合性科室，區(qū)級重點專科。 現(xiàn)有醫(yī)護人員19名，其中副主任醫(yī)師2名，主治醫(yī)師2名，住院醫(yī)師4名。 科室擁有奧林巴斯電子支氣管鏡、邁瑞有創(chuàng)呼吸機、飛利浦無創(chuàng)呼吸機V60、肺功能儀、多功能心電監(jiān)護儀、空氣壓縮泵霧化吸入、振動排痰儀等醫(yī)療設備。

腎內科主要開展腎臟病診治和血液透析治療為一體的綜合性科室，區(qū)級重點?？啤？剖椰F(xiàn)有醫(yī)護人員20名，其中專科醫(yī)師6名，專科護士10名?？苾柔t(yī)護人員先后多次到“四川大學華西醫(yī)院”、“四川省人民醫(yī)院”、“重慶新橋醫(yī)院”進行?？七M修學習。

科室主要開展消化系統(tǒng)疾病、內鏡下診斷和治療等綜合性內科業(yè)務?？剖椰F(xiàn)有醫(yī)護人員17人，其中副主任醫(yī)師1人，主治4人，科室醫(yī)務人員均曾多次到四川大學華西醫(yī)院、四川省人民醫(yī)院、北京海軍總醫(yī)院、成都軍區(qū)總醫(yī)院進修學習。

急診科是一個跨多學科專業(yè)的一級臨床科室，承擔著醫(yī)院院前急救，院內急診等為一體的醫(yī)療急診任務，并與巴中市急救中心聯(lián)網(wǎng)，負責恩陽區(qū)內“120”接診和院前急救、應急保障工作，以及各類危重病人的救治、轉運、轉診。

骨科是集現(xiàn)代骨科和傳統(tǒng)骨科于一體的綜合性科室，承擔著轄區(qū)內骨傷、骨病等運動系統(tǒng)疾病的醫(yī)療、預防、教學等任務。 科室現(xiàn)有醫(yī)護人員16人，副高職稱1人，中級以上職稱4人，初級職稱12人?？剖裔t(yī)務人員均曾到海軍總醫(yī)院、重慶新橋醫(yī)院、省人民醫(yī)院、川北醫(yī)學院附屬醫(yī)院進修學習。 科室配備有C型臂、骨科專用手術床、冷敷儀器、紅光、烤燈治療儀等先進治療設備。

婦產科是集婦科、產科、計劃生育服務等于一體的綜合性科室，恩陽區(qū)危重孕產婦救治中心，區(qū)級重點?？?，與四川大學華西第二醫(yī)院建立長期緊密合作關系。

檢驗科是設有臨檢、生化、體液、免疫、微生物、PCR、輸血等多部門一體的綜合科室，承擔著醫(yī)院臨床檢驗、輸血、健康體檢、科研教學等任務。 現(xiàn)有專業(yè)技術人員13人，本科以上學歷5人，中級以上職稱4人，初級職稱7人。

放射科是集檢查、診斷及輔助治療為一體的綜合性科室，承擔著醫(yī)院臨床醫(yī)療、健康體檢、科研教學等任務。

功能科是集超聲、心電、腦電等于一體的綜合科室，承擔著醫(yī)院臨床輔助診斷、輔助治療、體檢等功能任務。 現(xiàn)有專業(yè)技術人員8人，其中副主任醫(yī)師1名，主治醫(yī)師5人，執(zhí)業(yè)醫(yī)師2人?？剖胰藛T先后分別到達州市中心醫(yī)院、川北醫(yī)學院附屬醫(yī)院、四川省人民醫(yī)院、海軍總醫(yī)院等三甲醫(yī)院進修學習。